反激变换器有两种运行模式：电感电流连续模式(CCM)和电感电流断续模式（DCM）
两种模式各有优缺点，相对而言，DCM模式具有更好的开关特性，次级整流管电流关断，因此不存在CCM模式的二极管反向恢复的问题。
此外，同功率等级下，由于DCM模式的变压器比CCM模式储能少，故DCM模式的变压器尺寸更小。但是，相比较CCM模式而言，DCM模式使得初级电流的RMS增大，这将会增大MOS的导通损耗，同时会增加次级输出电容的电流应力。因此，CCM模式常被推荐使用在低压大电流输出场合，DCM模式常被推荐使用在高压小电流输出的场合。
反激式转换器可以在两种模式下运行，但它具有不同的特征。
断续模式：
一方面具有较高的峰值电流，因此在关断时有较高的输出电压尖峰。
另一方面，它具有更快的负载瞬态响应，一次侧电感较低，因此变压器尺寸可以较小。二极管的反向恢复时间并不重要，因为在反向电压施加之间正向电流为零。在断续模式下，晶体管的开启随零集电极电流出现，降低了传导EMI的噪声。
连续模式：
具有较低的峰值电流，并因此降低了输出电压尖峰。不幸的是，由于它的右半平面（RHP）零点迫使变换器的总带宽降低，所以其控制回路比较复杂。由于连续传导模式对大多数应用而言是更加的选择，因此以上仅对该模式进行了更多的细节分析。
对CCM模式反激变换器而言，输入到输出的电压增益仅仅由占空比决定。而DCM模式反激变换器，输入到输出的电压增益时由占空比和负载条件同时决定的，这使得DCM模式的电路设计变得更复杂。但是，我们在DCM模式与CCM模式的临界处(BCM模式)、输入电压最低（Vinmin_DC）、满载条件下，设计DCM模式反激变换器，就可以使问题变得简单化。于是，无论变换器工作于CCM模式，还是DCM模式，我们都可以按照CCM模式进行设计。
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